Alcóntar se constituyó como municipio independiente a finales del siglo XIX, escindiéndose del municipio de Serón el 10 de noviembre de 1888. La zona del actual núcleo de Alcóntar ha sido habitada desde la prehistoria como lo atestiguan restos arqueológicos del Mesolítico o Neolítico encontrados en la Cerrá de Alcóntar. También se han encontrado restos de Terra Sigilata Hispánica de la época romana.