De la Edad Media es la primera referencia escrita sobre Mondújar, la cual se debe a Idrisi (geográfo y cronista musulmán del siglo XII) al comentar que el Hisn (
castillo) de Mondújar estaba situado en la cima de una colina de
color rojo, cerca del
río. Posiblemente ésta es la antigua fortaleza
romana que los musulmanes siguieron utilizando, como la calzada y la
posada, las cuales mejorarían con el tiempo; actualmente están sin localizar. La otra alquería del término era Guechen (Huechar) que, junto con Mondújar y las tahas de
Alboloduy y Marchena, formaban, según Ibn al-Jatib, el distrito de Orx Cais. De época nazarí (siglos XIII o XIV) es la
torre que se encuentra en el
pueblo, de dos plantas con muros y tapia de argamasa y mampostería, construida cuando
Santa Fe era un arrabal de las alquerías principales. Tras la Reconquista, a finales del siglo XV debió de fundarse Santa Fe como pueblo para acoger a los musulmanes expulsados de
Almería, y sustituye a Mondújar y Huechar como centro poblacional en el siglo XVI, acogiendo a los nuevos repobladores (1573), y las antiguas alquerías musulmanas (Mondújar y Huechar) quedan despobladas tras la expulsión de los moriscos.
A este pueblo de nuevo cuño se le dio un nombre sacro según la
costumbre de los Reyes Católicos, llevándose a cabo las construcciones que simbolizan el nuevo poder religioso y político, como la actual
iglesia parroquial dedicada a la
Virgen del Rosario, también patrona del pueblo. Es un templo de estilo mudéjar perteneciente al tipo de
iglesias de tres naves, de planta basilical, con la
capilla mayor diferenciada de la nave central por un
arco toral y
coro alto a los pies. La techumbre de madera fue reformada en 1671 con armadura parhilera y detalles ornamentales sencillos; de la misma época es la
ermita de Mondújar, dedicada a la Virgen del Carmen y ubicada sobre la mezquita que ocupaba el lugar.
También en este período surge el señorío de los
Granada Venegas, descendientes del infante de Almería Cidi Yahya al-Nayar (antiguo gobernador musulmán de la taha de Marchena), y posteriormente un descendiente de éstos, José de Careaga y Jibala, fue creado Marqués de Torre Alta en el siglo XVIII. El siglo XVI estuvo caracterizado por intensos cambios sociales, políticos y económicos condicionados por las constantes rebeliones de los moriscos, su derrota y expulsión definitiva en 1570.
Los nuevos repobladores, cristianos viejos, tendrán que adaptarse a un nuevo espacio estabilizándose demográfica y económicamente a lo largo de los siglos XVII y XVIII. En la actualidad Santa Fe se configura con los problemas comunes del
valle, sequía y despoblación, esperanzados en ser paliados con las nuevas políticas agrícolas que tratan de revitalizar el medio rural.
Posteriormente, estando Hispania romanizada y sobre todo, durante los ocho siglos en la que lo poblaron los musulmanes. En el siglo XVI se realiza el primer recuento poblacional, al realizarse el libro de Apeo y Población en 1574, tras la expulsión de los moriscos. En este año, Tello González (regidor) visita el lugar y anota que Santa Fe era realenga y pertenecía a la jurisdición de Almería. Según un cuaderno que se conserva, ya que el libro de Apeo se perdió, entre Santa Fe, Mondújar y Huechar sumaban 176 habitantes moriscos y tras la expulsión de éstos se repuebla Santa Fe (Mondújar y Huechar quedan despoblados) con 42 habitantes, gentes de Almería,
Andalucía Occidental (
Jaén y
Cádiz), Levante,
Navarra,
Lugo y uno de
Italia. También se recogen los topónimos de los barrancos de Handac, Alhocdar, Farhon, Moscolut, Jacarratahal, etc.
Mondújar, actualmente pedanía de Santa Fe, era el pueblo que existió en principio. Tras la Reconquista, a finales del siglo XV debió de fundarse Santa Fe como pueblo para acoger a los musulmanes expulsados de Almería, y sustituye a Mondújar y Huechar como centro poblacional en el siglo XVI, acogiendo a los nuevos repobladores (1573), y las antiguas alquerías musulmanas (Mondújar y Huechar) quedan despobladas tras la expulsión de los moriscos. El siglo XVI estuvo caracterizado por intensos cambios sociales, políticos y económicos condicionados por las constantes rebeliones de los moriscos, su derrota y expulsión definitiva en 1570. Los nuevos repobladores, cristianos viejos, tendrán que adaptarse a un nuevo espacio estabilizándose demográfica y económicamente a lo largo de los siglos XVII y XVIII. Actualmente los cítricos son el principal cultivo de Santa Fe, sobre todo la naranja, aunque en los últimos años se están realizando, dentro de las nuevas políticas comerciales, la implantación de otras especies, como el
olivo y frutales de mayor incidencia en el
mercado.