El templo, aislado de toda construcción, se asienta sobre los restos de una mezquita árabe y ha estado en construcción durante seis siglos lo que ha significado la mezcla de estilos arquitectónicos y la participación de diferentes profesionales como Diego de Riaño, Juan Gil de Hontañón, Alonso Rodríguez y Martin de Gainza. Debe su aspecto principal a las obras acometidas entre los siglos XV y XVI.