En el interior destacan varios elementos, como el
retablo mayor, trazado por el
escultor Antón Vázquez y ejecutado por los pintores Antón Sánchez, Hernando de Sturmio y Pedro Fernández de Guadalupe en 1547 y que es muestra del
arte hispano de influencia flamenca de la primera mitad del S. XVI. Igualmente destacar la
Capilla de los Ayllones, con un excelente retablo plateresco, así como la imagen de la Divina Pastora atribuida a La Roldana, que es patrona del clero de S. Pedro desde 1749.