El origen del Santuario de Ntra. Sra. de Regla proviene de una fortaleza de los Ponce de León, Sres. de Chipiona.
La torre cuadrada con almenas de este monasterio ha influido para atribuir su origen a un viejo castillo. En el año 1399 le fue donado a los ermitaños de San Agustín por D. Pedro Ponce de León, quienes permanecieron allí hasta 1835. Virgin de Regla
En 1882 pasa a ocuparlo la comunidad de franciscanos, autorizando el Estado al P. Lerchundi el establecimiento en el edificio de un colegio de misioneros para Marruecos y Tierra Santa, quienes más tarde llevaron a cabo el derribo de la antigua iglesia y la construcción de una nueva, de estilo neogótico, entre los años 1904 y 1906. Esta comunidad franciscana es la que actualmente sigue ocupando el Monasterio y atendiendo el Santuario.

El prestigio y extendida devoción que goza este santuario está basado en la antigüedad de la imagen de la Virgen que en él se venera. Se ha podido demostrar arqueológicamente su remoto origen que no se aleja de la primera mitad del año 300.

La primera procesión en honor de la Virgen de Regla de que se tiene noticia se celebró en 1588 organizada por la duquesa de Medina Sidonia, para rogar por el éxito de la Armada Invencible que dirigía su marido. En ella se trasladó la imagen de Santuario de Ntra. Sra. de Regla a Sanlúcar de Barrameda, siendo devuelta en 1852 por iniciativa de los Duques de Montpensier..

Merece destacarse el claustro mudéjar de S. XV, la biblioteca, el museo y la imagen de la Virgen, patrona de la ciudad, cuya onomástica se celebra el 8 de septiembre saliendo en procesión por las cercanías de Santuario ante la masiva asistencia de devotos de toda Andalucía