Se levanta en la parte alta de la ciudad, y su fábrica está documentada desde el año 1486, coincidiendo con la etapa de apogeo constructivo que fomentan los Duques de Medinaceli, señores jurisdicionales de la entonces villa y promotores de esta obra. Como la mayoría de los grandes edificios de esta zona y la propia Catedral de Sevilla, la iglesia se construye con piedra arenisca procedente de la sierra de San Cristóbal.

El primer Maestro de Obras de esta iglesia del que se tienen noticias es Alonso Rodríguez, quien trabajaba por entonces en la catedral hispalense y en algunas otras iglesias de aquella diócesis, así como en el Monasterio de la Victoria de esta localidad, de financiación ducal, de 1504. En el año 1493 el templo ya se encontraba abierto al culto, aunque aún tardaría años en concluirse. De esta primera etapa se conserva la fachada de los pies o Del Perdón, de estilo gótico tardío; quizás inacabada por A. Rodríguez, o puede que arruinada, como otras partes del templo, a raíz del terremoto de 1636.

Por los efectos de dicho terremoto se producen importantes daños, desplomándose la nave principal del templo y quedando el resto del edificio en muy malas condiciones. Entonces se acomete una reedificación del templo que dura casi toda la segunda mitad del siglo XVII y que corre a cargo primero de Antón Martín Calafate, quien recibe las obras en 1647 y utiliza parte de la iglesia antigua que aún se conservaba como eran los muros exteriores, el ábside y algunas capillas.

Posteriormente, y a partir de 1659, el nuevo Maestro Mayor de la villa, Francisco de Guindos, se hace cargo de la obra, levantando las bóvedas de crucería y abriendo nuevas capillas. De esta época es la espléndida puerta lateral llamada Puerta del Sol, realizada a la manera de fachada-retablo, donde se incluyen notables elementos decorativos de tipo plateresco. En el centro de una hornacina del cuerpo alto de la portada se aloja la imagen de la patrona de la localidad, Nuestra Señora de los Milagros, sobre el Castillo de San Marcos, símbolo principal del escudo de la ciudad. El remate superior de esta portada es un ático de cornisa curvilínea con dos grandes óculos sobre el que se disponen las alegorías de las virtudes teologales, todo ello entre una profusa decoración de tipología plateresca, poco frecuente en esta zona.

Se inauguró el templo reconstruido, aunque no definitivamente terminado, en el año 1671.

Del interior de la iglesia, donde existen muchas e interesantes obras de arte, se pueden destacar el magnífico retablo de plata mexicana realizado en 1682 por el platero José Medina en San Luis de Potosí (México), situado en la Capilla del Sagrario; el retablo barroco del siglo XVI de la Capilla de la Virgen de los Milagros, de la escuela de Pedro Duque Cornejo; la sillería del Coro, atribuida a Juan Bautista Vázquez el Joven, y el baldaquino monumental de estilo neoclásico levantado en el centro del presbiterio a finales del siglo XVIII por el reconocido arquitecto local Torcuato Benjumeda.

En 1982 fue otorgada como Bien de Interés Cultural, La Prioral está declarada Monumento, como queda recogido y publicado en el B. O. E.

Lamentablemente, en la actualidad, la Iglesia Mayor Prioral presenta un estado de conservación deficiente, tanto en el interior (fachada y cubiertas) como en el interior, ante la desidia de las distintas administraciones