En su interior merecen destacar la sillería del coro de Padres, magnífica obra de talla de madera finalizada en 1550; la sustitución del antiguo retablo de estilo hispano flamenco por el ejecutado por los mejores artífices de la época: Alejandro de Saavedra, ​ José de Arce y Francisco de Zurbarán, así como el conjunto de tablas pintadas por éste para las paredes del Sagrario, hoy en gran parte en el Museo de Cádiz. En su subsuelo existen diversas galerías y túneles de función desconocida.

(25 de Abril de 2022)