En 1810 con la invasión francesa se inicia la destrucción del conjunto formado durante los tres siglos anteriores. La proximidad del
ejército francés obliga a los monjes a abandonar el
monasterio para refugiarse en
Cádiz, y cuando regresan lo encuentran desolado y saqueado, con desperfectos importantes, incluso en las edificaciones, destinadas a
alojamiento de tropas.