Interiormente cuenta con el clásico
coro que se disponía en todas las
iglesias importantes, este con basamento de
piedra sobre el que se asienta una doble sillería de cedro y caoba, que tal como se conserva hoy, es obra de Juan de Gatica, inaugurada en 1732, sustituyendo a otra anterior que se conserva en la
parroquia de Santiago. La
capilla bautismal, de bella
bóveda estrellada renacentista, conserva una
pila de alabastro con inscripción del obispo Oliverio Carafa, que dirigió la diócesis entre 1501 y 1509.