Los almohades se asentaron e hicieron fuertes en el siglo XII en la zona alta, La Villa, al cobijo de las
murallas del
castillo. Testigos del esplendor de
Setenil en época musulmana son la
Torre del
Homenaje y la
muralla de Los Cortinales. Era un sitio importante, muy fuerte, y fue clave en la caída del reino de
Granada: el propio rey Fernando el Católico participó en el asedio definitivo y otorgó a Setenil privilegios. De esos tiempos son la
ermita de
San Sebastián, la
iglesia de Nuestra Señora de la Encarnación (erigida sobre la antigua mezquita) y el
edificio de la actual oficina de turismo, que conserva un artesonado mudéjar.