Las dos mitades de la edificación tienen tres naves alineadas y yuxtapuestas, ensambladas en la cubierta pero deficientemente trabadas en el interior. Intervienen en su construcción Agustín de Argüello, como Maestro Mayor, y Antonio Padilla y Bernardo de
Torres como aparejadores. Otros artistas relacionados con esta
iglesia son Francisco de Villegas,
escultor y Juan Rodríguez como ensamblador (siglo XVII). La parte
gótico-mudéjar cubre su nave central con
bóvedas de crucería que revisten sus nervios con dientes de
sierra. Los
arcos formeros, que ornamentan su rosca con arquillos lobulados, apoyan sobre macizos pilares de sección rectangular a los que se les adosan
columnas de mármol con
capiteles reaprovechados de una construcción anterior, tal vez de una mezquita.