Al estallar la guerra civil española (1936-1939) se produjeron importantes disturbios, los cuales llevaron a la destitución de la Corporación Municipal y de los funcionarios de Vejer, así como a detenciones y asesinatos, como el del alcalde Francisco Salgueiro Rodríguez, el concejal Juan Mejías Delgado, el concejal Alfonso Melero Melero, el concejal Francisco Braza Basallote y el alcalde pedáneo de
Barbate, Francisco Tato Anglada, entre otros. Asimismo, se destruyó parte del valioso patrimonio cultural y religioso del municipio a través del incendio de la
Iglesia Parroquial, del archivo y de la
biblioteca.