Sus raíces se hallan en la época de los fenicios, aunque hasta el siglo XVI no existió algo parecido a un núcleo urbano. Sus orígenes provienen, como su nombre indica, de la
pesca del atún, siendo una de las almadrabas más importantes de
Andalucía. La almadraba es un
arte de pesca tradicional del atún que ya se utilizaba durante la dominación
romana.
El primer documento que se encontró en que figura el nombre de Zahara con total verosimilitud es el testimonio de
alojamiento de términos entre Vejer y Tarifa de 1444. El origen como población no se produciría hasta la concesión a Guzmán el Bueno de
pescar atunes del estrecho. Este privilegio pasará a sus descendientes, los Duques de Medina Sidonia, quienes explotarían la almadraba de Zahara. Tras la concesión de la almadraba, en la primera mitad del siglo XV se construiría el
Palacio de las
Pilas, pieza clave en la
historia de
Zahara de los Atunes. El Palacio desempeñaba tres funciones: era
Castillo, Palacio y Chanca. Castillo defensivo contra la piratería turco-berberisca, palacio residencial de los Duques de Medina Sidonia mientras duraba la temporada de la almadraba, y chanca, es decir, factoría donde se troceaban, salaban y preparaban los atunes. Como dato curioso, la
Iglesia Del Carmen, situada en el centro del
pueblo, era la sala donde se realizaba el despiece y salazón del atún.
A principios del siglo XVI, y debido a las buenas campañas almadraberas, Zahara empieza a poblarse. Comerciantes,
militares y almadraberos serían los primeros en habitar el lugar, surgiendo así las primeras viviendas, de débiles estructuras y casi siempre adosadas a las
murallas del palacio. Dicha configuración se mantuvo hasta finales del siglo XX con el boom de la construcción y el turismo[16].
está situada al sur de la provincia de Cádiz, al pie de la Sierra del Retín,[3] y a orillas del río Cachón y del océano Atlántico.
Ayuntamiento 
Parroquia Nuestra Señora del Carmen
San Juan, el día 23 de junio. En esta celebración se queman los llamados «juanillos», imitaciones de hombre y mujer elaborados con paja. Al finalizar la quema, y como parte del ritual, los vecinos se acercan al mar para refrescarse.