Su origen es remoto, aunque no se tiene certeza de quienes fueron sus primeros pobladores. Parece probable que sus fundadores quisieran ocultarse, al escoger lugar tan apartado de todo
comercio y comunicación. Además, se cuenta que al reconquistar
Córdoba Fernando III El
Santo, sus huestes no descubrieron
Obejo hasta pasado algún tiempo, tomando su fortaleza, de la que subsisten muy escasos restos. Debido a su aislamiento quedó olvidado durante la reconquista hasta algún tiempo después de la toma de Córdoba.