El origen de la localidad se sitúa en el siglo I, a partir de alguna de las múltiples ventas que, como centros de hospedaje para viajeros y mercaderes, jalonaban el
camino de
Córdoba a Belmez y el de Córdoba a Los Pedroches por
Villaharta.
Villaharta, la Alta, posee un lugar estratégico por haber sido lugar de cruce de rutas entre el norte de la provincia y
Extremadura, lugar de abastecimiento y de descanso. El historiador Idrisi aseguraba, con certeza, que por aquí pasaba un camino árabe durante los siglos X y XI que desde la cuesta de la
Matanza trasladaba viajeros por Los Pedroches hacia
Toledo y Castilla la Vieja y que, con posterioridad, sería
vía pecuaria de la Cañada Real Soriana.
El origen actual de la población se remonta al siglo XV, cuando se funda como mayorazgo de don Fernando Páez de Castillejo y doña Leonor de Angulo, que fueron facultados por los Reyes Católicos en 1495 para crear éste en favor de su hijo mayor Francisco Páez de Castillejo, del que formaron parte las tierras y ventas de la Alhondiguilla (actual Villaharta) que se poblaron hacia 1630 cuando Don Diego Páez de Castillejo compró al rey, por cinco mil ducados, la jurisdicción civil y criminal, construyéndose poco después la
iglesia y la
posada. Por sucesivas transmisiones hereditarias llegó la villa a posesión de la
casa de Alba, a través de don Fernando de Silva Alvarez de Toledo, duque de Alba y marques de El Carpio, que fue duodécimo señor de Villaharta Las
aguas mineromedicinales de Villaharta, suministradas por los manantiales de
Fuente Agria, disfrutaron en épocas pasadas de fama internacional
El Rey Felipe IV, en 1616, le hizo la merced de darle jurisdicción civil y criminal. En el año de 1630, se nombró al primer alcalde de esta nueva villa, en la persona de Miguel Molina. Hemos de imaginarnos esta primera villa de Villaharta de la siguiente manera: con sólo 11
casas en torno a una pequeña iglesia o
ermita, con una
capilla lateral y una posada, formando un eje redial alrededor del lugar sagrado.
En el Boletín de la Provincia de Córdoba de 1835 se hace una referencia a la villa de Villaharta como término de una legua, perteneciente al Ducado de Alba, que carecía de
médico y de maestro de
escuela, con un pósito de grano común con el de
Obejo y unas excelentes aguas medicinale, las llamadas aguas de hierro de Villaharta o "aguagria", conocido vulgarmente.