
La
historia de esta población se remonta al Neolítico, como lo atestiguan los restos arqueológicos encontrados en la
Cueva de los Murciélagos. Se trata de varios esqueletos con su ajuar funerario y restos de la indumentaria con la que estaban amortajados. Estos restos se conservaron durante un tiempo en el
Museo Arqueológico Nacional.
Se cree que su origen es
romano, se han encontrado restos de un asentamiento prehistórico en la Cueva de los Murciélagos, localizada en el término municipal de
Albuñol. La época de mayor esplendor de la Alpujarra fue con los moriscos, época en la que Albuñol era la población más importante del Gran Cehel o Gran Costa. Estuvo en estos siglos defendida por el
castillo de la Rábita. Ya en el siglo XVI don Luis Zapata Portocarrero compró la población a la corona, a doña Juana, recibiendo también la concesión del título de ciudad. Tras la expulsión de los moriscos en 1570 se inició la repoblación de la Alpujarra con castellanos, gallegos y leoneses, pero en Albuñol no tuvo lugar hasta el siglo XVII.
En el año 1505 Luis Zapata adquiere el Señorío de Albuñol a la Reina Juana "la Loca", hija de los Reyes Católicos, recibiendo así el título de ciudad. En los primeros años del siglo XVII sufrió una gran despoblación con la expulsión de los moriscos, a raíz de la sublevación de Abén Humeya, siendo repoblado más tarde con castellanos, gallegos y leoneses, pasando a pertenecer al Señorío del Conde de Cifuentes.
En 1834 se convierte en cabeza del partido judicial de su mismo nombre, actualmente la sede está situada en Motril.
A finales del siglo XIX y principios del XX, también fue muy nombrada esta localidad, debido a un destacado político llamado Natalio Rivas, que fue varias veces ministro, además de hijo ilustre de la villa y diputado a Cortes.