Las primeras noticias que tenemos de la Villa de Algarinejo son del Calcolítio del III Milenio (hace más de 5.000 años (3000 a. C.), en la Edad de Bronce) según los análisis de los restos arqueológicos recogidos en los yacimientos del Tajo de la Villa Vieja y en Cerro del Almendral. Aunque posiblemente su población sea mucho anterior, ya que en la cola del Pantano de Iznájar (cuya orilla norte pertenece al término de Algarinejo) se han encontrado restos de asentamientos datados en el Paleolítico Inferior
Posteriormente, en el siglo XV numerosas batallas se sucedieron en el término municipal de Algarinejo, pues como es sabido, estuvo siempre en la frontera del reino nazarí de Granada, siendo finalmente conquistado en 1483. Aunque se tiene constancia de un nuevo enfrentamiento en 1487 por la posesión de Xesna (Fuentes de Cesna que, según algunas informaciones, hacia el siglo XV era un pueblo bastante grande que estaba habitado por árabes dedicados al comercio de joyas) y Pesquera entre Loja e Iznájar; y en Las Marrojas contra Priego. Al final Algarinejo pasó a manos de Loja.
Posteriormente, en el siglo XV numerosas batallas se sucedieron en el término municipal de Algarinejo, pues como es sabido, estuvo siempre en la frontera del reino nazarí de Granada, siendo finalmente conquistado en 1483. Aunque se tiene constancia de un nuevo enfrentamiento en 1487 por la posesión de Xesna (Fuentes de Cesna que, según algunas informaciones, hacia el siglo XV era un pueblo bastante grande que estaba habitado por árabes dedicados al comercio de joyas) y Pesquera entre Loja e Iznájar; y en Las Marrojas contra Priego. Al final Algarinejo pasó a manos de Loja.