Hay diversas opiniones sobre el origen de su nombre pues según algunos, Algarinejo deriva del nombre de un antiguo cortijo llamado Algarín-anejo de Loja; la opinión más generalizada entre los habitantes es que la villa debe su origen a dos cortijadas inmediatas apellidadas Algarín la una y Nejo la otra. Se piensa también que pueda tener algo de relación con etimología árabe. A las inmediaciones de esta población se dio una batalla entre las tropas de Doña Isabel la Católica y los moros de Granada, que aunque ocupaban Loja, cuyo alcalde era entonces Aliatar, suegro de Boabdil La historia de Algarinejo comienza cuando en 1614 Mateo de Lisón y Biedma compra al Sr. Rey Don Felipe III la jurisdicción civil, criminal y vasallaje del cortijo de Algarinejo, según la escritura de asiento con fecha de 17 de Febrero de 1614. Anteriormente a estas fechas, las tierras de Algarinejo pertenecían a la jurisdicción de Loja. En 1487 existen noticias de que hubo unos enfrentamientos entre los términos de Loja e Iznajar por las posesiones de unas tierras en Xesna, hoy Fuentes de Cesna. Estas tierras eran muy ricas en pastos y otros recursos gracias a la proximidad del río Pesquera. Esta zona fue muy conflictiva, ya que aquí estaba la frontera entre cristianos y musulmanes. El Conde de Cabra reclama estas tierras de Cesna como de su propiedad; el debate se establecía por la fuente de Malerva, Cesna y Pesquera. El resultado de estos conflictos parece que fue favorable a Loja. Pero los problemas de términos entre Loja y la villa de Iznájar, a lo que parecen, no fueron sólo por estas tierras, sino que los vecinos de dicha jurisdicción señorial, como los de Priego, intentaban hacerse con las Marrojas, dehesa situada en el extremo NW, del concejo, a linde con las dos villas. A mediados del siglo XIX, existía una plaza, notable por su extensión y simetría, la cuál poseía en su centro una copiosa fuente circuida de álamos negros y asientos de piedra tosca deteriorados por las injurias del tiempo. Esta plaza fue reformada y hoy Algarinejo cuenta con una gran Plaza moderna, con una fuente con.... caños, bancos con toques modernistas; toda ella rodeada con grandes árboles. El patrono de esta villa es San Dionisio Areopajita, el cual se eligió patrono en 1680 habiendo empezado el azote de la peste en las ciudades de Cartagena y Murcia en el año de 1677. Se propaga la peste por tierras andaluzas en los tres años siguientes, liberándose este pueblo. Estas fechas fueron terribles ya que existió una terrible sequía por la falta de lluvia. También hubo sobre el 1680 en este pueblo varios terremotos, uno de los cuales consternó a todos sus vecinos..