Los ñandúes se clasifican en dos especies. El Ñandú Grande, o simplemente Ñandú, que habita en las regiones orientales y el Ñandú Petizo de menor tamaño. Este segundo se ubica al occidente, hacia los Andes, y en el sur del continente. El Ñandú Grande se clasifica en varias subespecies, las cuales son aceptadas por la mayoría de los naturalistas. Al Ñandú Petizo se le clasifica en tres subespecies, pero existe desacuerdo en esta división. Hay quien opina que el Ñandú de la Puna es una especie propia por sí misma.