La zona en la que se asienta este municipio ha estado habitada desde la Edad de Bronce, como demuestran los hallazgos arqueológicos encontrados. Su topología urbana corresponde a la época árabe cuando alcanzó gran protagonismo gracias a la calidad de sus
aguas termales. No obstante, se argumenta el asentamiento del
pueblo romano en estas tierras en los vestigios encontrados,
columnas cerca de los manantiales, y en la procedencia del topónimo.
Cortes, es de origen latino y se traduce como “
casas de labor”. Esta tipología de infraestructura abundó en la época
romana. En 1492 fue conquistada por los Reyes Católicos y pasó a depender de la Corona hasta que en el siglo XVII el municipio fue adquirido por la
familia Pérez de Barradas, formando el Marquesado de Cortes.