Está demostrado que en el lugar que hoy ocupa este municipio ha habido asentamientos humanos desde la Prehistoria, lo que se explicaría por su enclave geográfico privilegiado. El abrigo natural
Piedra del
Letrero podría corresponder al Neolítico. También hubo villas
romanas como ponen de relieve los restos hallados en Cortijo de Torralba, en los alrededores de Fuencaliente, en las
fuentes del
río Gualdar y en el
arco de la
calle Alhóndiga. En la época islámica su población, agrícola y ganadera, estuvo muy dispersa, en alquerías populosas contiguas unas a otras como escribió Al-Jacubi a finales del siglo IX. En el XIII se funda la actual
Huéscar y se convierte en frontera, alternativamente en manos musulmanas y cristianas, hasta la conquista definitiva para Castilla en 1488. Los Reyes Católicos le concedieron Capitulaciones, según las cuales sería siempre villa real, no entregada a señor alguno y con respeto para los islámicos en su religión y
costumbres; pero eso no se cumplió y la ciudad fue entregada primero al condestable de
Navarra y después al duque de Alba. La represión y expulsión que siguieron al levantamiento morisco dejó reducida a la mitad la población, que a mediados del siglo XVI era de casi 6.000 habitantes.
En el lugar se ubicaron numerosas villas romanas, sin formar en ningún caso un núcleo poblacional. Fue en la época árabe cuando la ciudad empieza a crecer.
Huéscar y los municipios de su comarca conserva un importante número de yacimientos arqueológicos De entre los yacimientos
romanos destaca sobre todos ellos el Cortijo de Torralba. Durante toda la Alta Edad Media, Huéscar y su comarca tuvo un poblamiento rural caracterizado por un hábitat disperso. La
agricultura y, sobre todo la explotación de
ganado menor, fueron sus principales características económicas. Estas actividades económicas propiciaron que Huéscar y el Altiplano en su conjunto estuvieran ocupados por un grupo de alquerías. La incorporación definitiva de Huéscar a la Corona de Castilla se produjo en 1488. En una carta del marqués de
Cádiz se narra que el alcaide de Huéscar, acompañado de otros moros principales, habían acudido a ofrecer la ciudad a los cristianos. Fernando el Católico, muy honrado, había decidido que acudiera a recibirla, quedando como gobernador, Rodrigo Manrique, en recuerdo de su familiar que había conquistado la
plaza en 1434. Los Reyes Católicos concedieron a los musulmanes habitantes de Huéscar un documento importantísimo: las Capitulaciones. Según éstas, Huéscar sería siempre villa real, no entregada a señor alguno, y que los musulmanes serían siempre respetados en su religión y costumbres. En 1495 los Reyes vulneraron lo pactado y entregaron Huéscar como señorío al Condestable de Navarra, Conde de Lerín. Durante todo el siglo XVI la situación iba a ser conflictiva y de evidente resentimiento. En 1513 las Capitulaciones quedaron definitivamente en papel mojado cuando la reina Juana (la loca) donaba al duque de Alba, Don Fadrique de
Toledo, la ciudad de Huéscar como señorío. La represión anti-morisca, las sucesivas expulsiones de éstos, terminarían afectando muy duramente a la ciudad. Huéscar había llegado a alcanzar casi seis mil habitantes a mediados del siglo XVI. A finales del siglo XVI dicha cifra quedó reducida prácticamente a la mitad. Huéscar ha pertenecido a la Diócesis de Toledo desde 1544 hasta 1953. Esto unido al hecho de la repoblación masiva por parte de castellanos, aragoneses y navarros, da explicación al estilo de las construcciones en la ciudad.