Sus primeros pobladores fueron posiblemente los romanos y alcanzó su principal desarrollo durante la dominación islámica, aunque sólo era entonces una alquería, gracias a su situación geográfica y sus condiciones de tierra fértil con abundante agua. En el comienzo del XIX vivió con intensidad la presencia de tropas napoleónicas en la zona y en 1884 fue destruida por el llamado Terremoto de Andalucía, iniciándose su reconstrucción, aunque manteniendo sus características esenciales, gracias a las ayudas recibidas de la Unión Mercantil y comerciantes de Madrid, por lo que cambió su nombre al actual de Santa Cruz del Comercio.