Antiguamente llamada Calar del Rey, toma el nombre de los
campos de su entorno, y éstos a su vez del árabe fahs'ar-raha, que significa "el
campo de los pastores".
Zafarraya procede del árabe Faha-al-ra iyya que significa campo de pastores, aunque hay quien defiende que se deriva más bien de Saiarraya que puede traducirse por límite de territorio. De todas formas, este lugar ha sido asentamiento humano desde el Neanderthal como demuestran los restos del llamado ‘Hombre de Zafarraya’, datados en 30.000 años atrás. Eso fue en el Llano o Polije. En el segundo milenio antes de
Cristo se asentó la cultura del Argar, con poblados en lugares de fácil defensa. Posteriormente, hubo campamentos fenicios y
romanos y a mediados del siglo VIII llegaron los musulmanes, de la mano del príncipe Omeya Abd al-Rahman. Durante siglos fue paso obligado para tropas y caravanas en el
camino hacia Vélez, Alhama y Loja. Tras la conquista cristiana pasó a depender de Vélez-
Málaga y Alhama inició con ella un larguísimo pleito que duró varios cientos de años.
Durante la Edad Media el Llano de Zafarraya era una tradicional ruta histórica que iba desde Málaga, pasando por Vélez, Zafarraya y Alhama, hasta
Granada. Esta
vía de comunicación estaba protegida por
castillos como el de Zalías en la provincia de Málaga y el de Alhama en la de Granada.
En 1833 se incorpora definitivamente a Granada, junto con
Ventas de Zafarraya y Riofrío. Todas estas poblaciones fueron moneda de cambio para compensar a Granada por la pérdida de Adra en el nuevo
mapa provincial.
En el día de
Navidad 1884, la ciudad de Zafarraya fue azotada por un terremoto con epicentro entre Ventas de Zafarraya y Arenas del Rey. Hubo 25 muertos y 75 heridos, colapsando el 30% de los
edificios, entre ellos la antigua
Iglesia de la cual se conservan sus restos. La ciudad se reedificó en un 80% siguiendo los planos de urbanistas, convirtiendo la localidad en un espacio de
calles rectas y ordenadas.
En 1913 Zafarraya se constituyó como villa independiente y poco después como municipio.