Los primeros datos que conocemos son los referentes a la existencia de dos aldeas: Alfajar de arriba (
ermita) y Puebla del
Valle (localidad). En el año 1480 cada una de éstas contaba con diez vecinos, dedicados a la
agricultura, principalmente a la de las
huertas,
árboles frutales, especialmente naranjos, viñas y
ganadería. Esta villa quedó encuadrada en el Reino de
Niebla antes de la Reconquista. Durante la segunda mitad del siglo XVI adquiere cierto renombre debido a la presencia en la Peña de Benito Arias Montano y a la explotación de yacimientos de plomo y plata. Obtuvo el título de villa en 1702.
El trabajo titulado 'Signos municipales de
Alájar (
Huelva). Vexilología. Sigilografía. Heráldica', de Juan José Antequera Luengo (Facediciones, 2008), alude, respecto a las figuras del
escudo, a la riqueza forestal del lugar, especialmente de la Peña de Arias Montano; a este escriturista traductor de la Biblia de Amberes y al magnìfico
mirador que desde su agreste serranía se divisa en el horizonte, representado mediante una garita, de las dos situadas en dicha mole pétrea que se alza sobre el
caserío.
El libro 'Expedientes carcelarios de Alájar (Huelva). Prisión Provincial, 1936-1939' (
Sevilla, Facediciones, 2008), da cuenta del contenido de los expedientes carcelarios referidos, entre otros, a los vecinos siguientes: José MARTÍN ROMERO, Nemesio GONZÁLEZ SÁNCHEZ, Rafael GONZÁLEZ SÁNCHEZ, Celestino NAVARRO NAVARRO, Isidoro PABLO PABLO, Francisco PABLOS PABLOS, José PASCUAL PASCUAL, Jesús RAMOS SÁNCHEZ, Eusebio SÁNCHEZ RAMOS, Rufino RAMOS BLANCO, Agapito DOMÍNGUEZ NAVARRO, Ignacio RONCERO VALERA (a) Chófer de la Placeres, Pedro LÓPEZ SÁNCHEZ, Valero MARTÍN NAVARRO, Cirilo LÓPEZ LÓPEZ, Ángel DELGADO MARTÍN (a) Cristóbal, Francisco LÓPEZ MARTÍN, José NAVARRO SÁNCHEZ, José Tomás ROMERO DOMÍNGUEZ, Rafael SÁNCHEZ CASANOVA y Máximo SÁNCHEZ RAMOS.