Existe constancia del nombre de la ciudad en las crónicas de
historia y geografía de Áhmed Mohámed Arrasi, en el siglo X.
Tras la reconquista
Ayamonte fue pasando de manos portuguesas a castellanas, hasta quedar definitivamente en manos de Castilla
Ayamonte tiene como símbolo heráldico un
castillo (por el que se alzaba, poderoso, frente a la siempre amenazante
Portugal, con una enigmática adelfa frente a su
puerta (Antequera Luengo, Juan José: 'Símbolos heráldicos de Ayamonte (
Huelva. Vexilología. Sigilografía. Heráldica';
Sevilla, Facediciones, 2008). Esta zona ha estado poblada desde la Edad del Bronce. De la época
romana solamente quedan restos de una fortaleza. En el siglo XIII Sancho II de Portugal la conquistó a los árabes y la cedió a la Orden de Santiago. Más tarde, por el tratado de
Badajoz, pasó a la corona de Castilla y Alfonso XI la cedió al condado de
Niebla. En 1664 Felipe IV le concede el título de ciudad.
El libro 'Expedientes carcelarios de Ayamonte (Huelva). Prisión Provincial, 1936-1939' (Facediciones, 2008), de Juan José Antequera Luengo y Juan José Luengo Jiménez, da cuenta de cuantos vecinos sufrieron prisión durante la guerra civil española.
Hasta 1992, el paso entre
España y Portugal se efectuaba en un transbordador para personas y vehículos. En este año se concluyó el
puente que une ambos países y ya no es necesario pasar por Ayamonte, aunque el transbordador sigue funcionando con regularidad.
El hallazgo de resto arqueológicos en las cercanías de Ayamonte, hacen pensar en un poblamiento bastante atrás en el tiempo, aún sin una determinación precisa, hallándose elementos como puntas de flechas y utensilios, hoy en día expuestos en el
museo arqueológico provincial de Huelva. Asimismo es casi seguro y defendido por diversos historiadores, la pertenencia del asentamiento ayamontino al Imperio Tartésico hasta la llegada de Griegos y
Romanos.
Etimológicamente, Ayamonte, también podría significar "sobre el puente" por lo que el nombre de Ayamonte haría referencia a estos esteros situados al pie del
monte.
En 1335, pasa definitivamente a manos castellanas, bajo el reinado de Alfonso XI de Castilla. Siendo estas fechas claves en la repoblación de la zona, contribuyendo para ello la creación del Marquesado de Ayamonte, que hasta esa fecha pertenecía al Condado de Niebla.
En el año 1664, el rey Felipe IV de España concedió el título de ciudad a Ayamonte. Ayamonte se vio inmersa en el intento de segregación de
Andalucía en reino independiente, siendo su Marqués condenado a muerte por ello.