En el primer cuarto del siglo XIX en las citas que se refieren al castillo se refleja el mal estado de conservación del mismo derivado del terremoto citado, aunque certifican que sigue acuartelando tropas. Del Diccionario geográfico-estadístico de España y Portugal. Sebastian de Miñano y Bedoya. 1827: En el castillo de Ayamonte que destruyó el terremoto de 1755, solo subsisten algunos de sus edificios interiores, recompuestos para que sirvan de almacenes y cuerpos de guardia á la guarnición de aquel punto; muy importante por su sit. y demas circunstancias que no seria del todo inútil tomarlas en consideración. A finales del siglo XIX, debido a su emplazamiento estratégico y de vanguardia, llegó incluso a convertirse en una de las subprefecturas francesas durante la Guerra de la Independencia. De cualquier forma su estado de conservación sería ruinoso: el informante en la zona -Madoz- señala en 1850 que:“A pesar de su proximidad al mar y de ser frontera de un reino extraño, no tiene Ayamonte otra fortaleza o defensa que 2 pequeñas baterías de moderna construcción, mezquinamente artilladas, a las márgenes del Guadiana; en sus alrededores, a corta distancia N. E. se ven las ruinas de un antiguo castillo, cuya fábrica indica fue casa fuerte en la edad media”El castillo llegó al siglo XX en ruinas. En agosto de 1921, bajo la alcaldía de Antonio García Gutiérrez, fue techada una de las "habitaciones" de lo que quedaba en el interior de la muralla, instalando allí un pequeño museo con piezas arqueológicas pertenecientes tanto al entorno del castillo como a otros "yacimientos arqueológicos" por todo Ayamonte. A esto se añadía la imprescindible presencia de un guarda que vivía en el mismo lugar con su familia bajo el sustento del consistorio