Tanto los gobiernos de
Ayamonte y
La Redondela continuaron ejerciendo de manera desproporcionada sus imposiciones, al igual que la autoridad eclesiástica. Finalmente, en 1802 se alcanza la independencia administrativa y obtiene por nombre el de Real Isla de la Higuerita.
En 1833 se alcanza la jurisdicción como municipio ordinario y en 1834, tras una epidemia de cólera iniciada en la desembocadura del Guadiana y que se expandió rápidamente hasta regiones tan distantes como
Extremadura o
Granada, el 12 de abril la regente María Cristina de Borbón accede, tras petición popular por los favores recibidos, a dar su nombre a la isla, con lo que La Real Isla de La Higuerita pasa a llamarse
Isla Cristina. La industria pesquera de la sardina prospera y la población casi se duplica en 15 años, de 1.819 habitantes en 1842, a los 3.126 censados en 1857, en disonancia con los datos de menor crecimiento de 1860, que sitúan la población en 3.191 habitantes. Las almadrabas comienzan a despuntar y avanzan las técnicas de
pesca tras la introducción del
arte de cerco tarrafa en 1888 por parte del isleño Juan Martín Cabet, que lo importó de los
Estados Unidos para la pesca de sardinas.