En 1936, tras casi 20 años desde la aprobación del proyecto, llega la línea del ferrocarril. Como primer objetivo tenía el transporte de mercancías portuarias, aunque se estuvo usando también para pasajeros hasta 1987, cuando fue desmantelado. Como consecuencia del estallido de la Guerra Civil el ramal proyectado para entrar en el casco urbano nunca fue terminado, quedando la
estación definitiva de la ciudad a 1'4 km y unida por un autobús. En los años 40, la flota de vapor queda obsoleta y se decide buscar la sardina en la costa occidental de África, creándose una flota más moderna, de motor de combustión, que se denominaría
barcos de Agadir, buques que superaron las 250 toneladas de registro bruto. Hasta finales del siglo XX existieron estos buques. A finales del siglo XX la lonja de
Isla Cristina se mantiene en el primer puesto en subasta de
pescado fresco de
Andalucía. La nuevamente renovada flota de los años 1990, con casco de poliéster, superan los mayores los mil
caballos de potencia.
Tras los intentos de ordenación del territorio de los años 1960 según leyes vigentes en la época, y tras varios vaivenes de diversa índole entre los que destacan los cambios de la normativa de ordenación, en 1987 se aprueba definitivamente lo que sería uno de los primeros planes directores de gestión municipal de
España, el PGOU de 1987, que se desarrollaría durante las siguientes dos décadas.