Existen 8 núcleos principales, uno de los cuales es la cabeza del municipio (
Isla Cristina) y otro es una entidad local autónoma (
La Redondela) por sus condicionantes históricos, ya que fue un municipio hasta 1887, entre ambos aglutinan a más del 95% de la población. Existe un noveno núcleo, el de Monterreina, que se considera sub urbanizado debido a una promoción urbanística que no prosperó en los años 1970 y actualmente está calificado como terreno rústico. En los últimos años, con la escasez de suelo urbanizable de la ciudad de Isla Cristina, se están desarrollando nuevas urbanizaciones residenciales a modo de ciudad dormitorio en el cercano núcleo de
Pozo del Camino, que aglutina una población de unos 1.300 habitantes en su redor. El medio natural de Isla Cristina, entiéndase excluidos los monocultivos de origen antrópico, comprende los hábitats de marismas, matorral (la jara, Cistus ladanifer L. como especie predominante) y el
monte bajo (el falso pipirigallo, Astragalus hispanicus, y la centaurea, Centaurea ornata como especies representativas). Los bosques de
pinos mediterráneos, Pinus pinea / Pinus pinaster, que se entremezclan en el monte bajo, y el almajo presente en las marismas son las especies botánicas más típicas de la zona.