Los orígenes de esta población se remontan al Paleolítico Medio, según testimonian los restos arqueológicos que se han descubierto en zonas corno El Arroyo
San Benito, Arroyo
Candón y en la zona del Coto Candón. entre otros. Se cree que durante la Edad de Bronce pudo existir en la zona Sur del término un hipotético asentamiento. El hallazgo de múltiples enterramientos en forma de cistas en el lugar conocido como Matahijos, dan testimonio de ello. Se han hallado en el mismo, ajuares consistentes en elementos cerámicos como cuencos, cazuelas carenadas y escasos elementos líticos como son las hachas pulimentadas. Se han hallado restos
romanos, pertenecientes a la época antigua, en las proximidades de la
fuente de San Benito, que debieron pertenecer a un emplazamiento de los que genéricamente se denominaba Villa Rusticae con materiales cerámicos pertenecientes a época Bajo imperial. En la zona comprendida entre los Clarines y las Garbosas, se han producido hallazgos dispersos del mismo signo con la aparición de sillares de
piedra, Tegulae, ladrillo, etc., en el lugar denominado cruce de la
Casa del Pilar, se ha constatado la existencia de sepulturas
romanas de poca entidad y casi destruidas en la actualidad por la acción del arado. De época Islámica son los testimonios materiales aparecidos en algunas tumbas de la zona próxima a Matahijos situada a un kilómetro y medio del sur del núcleo urbano; en las mismas, formando parte de los ajuares, aparecen botellas, ampollas, cuencos, etc. La proximidad de esta Necrópolis, hace sospechar la existencia de algún poblamiento árabe en el actual emplazamiento de
Beas.
Las primeras referencias escritas sobre el municipio de Beas las encontramos tras la conquista castellana del reino de
Niebla en 1262. La nueva organización del Concejo de Niebla establecida por el rey castellano, Alfonso X, incluía en la jurisdicción de esta ciudad a la entonces aldea de Beas, así como a otro núcleo existente en el actual término municipal: San Benito del Álamo, que según Pascual Madoz desapareció en el siglo XVIII, argumentando como causa de su despoblamiento la insalubridad del terreno.
Tras la Reconquista, Alfonso X el Sabio concede fueros y privilegios sobre el antiguo Reino de Niebla, pasando a ser en 1283 dominio de la infanta Beatriz y en 1333 del infante Fernando, hijo de Alfonso XI. A partir de la Guerra Civil que enfrentó a Pedro I el Cruel a Enrique de Trastamara, Beas y
Trigueros ambas aldeas de Niebla, pasaron momentáneamente a Alfonso Pérez de Guzmán, aunque a mediados del siglo XV formaban otra vez parte del Condado de Niebla y esta vez con carácter permanente. El escimiento definitivo de un señorío jurisdiccional ocasionó el decaimiento del, hasta entonces, poderoso Consejo de Niebla. El estatus administrativo de Beas se mantendría invariable durante la Edad Moderna.
En diciembre de 1342, Alfonso XI hizo donación de las aldeas de Beas y Trigueros a Juan Alonso de la Cerda, señor de
Gibraleón, de este modo el
pueblo pasaba a ser tutelado por un régimen señorial, pero fue un periodo efímero, pues a la muerte del señor en 1346 volverán a la jurisdicción de Niebla, tierra de realengo todavía
Con el final del Antiguo Régimen, Beas alcanza su estatuto actual de Municipio, con una extensión de 146 kilómetros cuadrados, que sigue manteniendo hasta nuestros días invariable; a su vez la población continúa el crecimiento que ya había iniciado durante el siglo XVI. El libro 'Expedientes carcelarios de Beas (
Huelva). Prisión Provincial, 1936-1939' (Facediciones, 2008), de Juan José Antequera Luengo y Juan José Luengo Jiménez, da cuenta de cuantos vecinos sufrieron prisión durante la guerra civil española.