Cañaveral de León actual tiene su origen en el siglo XV, en una dehesa perteneciente al término de
Fuentes de León, tal como aparece recogido en la visita que en 1495 se realizó en el territorio de la Orden de Santiago. Dice el manuscrito se estaba haciendo y que contaba con unos cuarenta vecinos. Era dependiente de Fuentes de León y juntamente con él pagaba los tributos. Es un león, por el priorato de León, el que campea en su
escudo, junto a un cañaveral, que alude a su topónimo (Antequera Luengo, Juan José: 'Símbolos municipales de Cañaveral de León (
Huelva. Vexilología. Sigilografía. Heráldica';
Sevilla, Facediciones, 2008). Los primeros tiempos fueron difíciles, pero a lo largo del siglo XVI alcanzó un notable desarrollo quer le permitió obtener la independencia municipal en 1591. El
pueblo perteneció a
Extremadura hasta 1834, cuando se produjo la actual división provincial, y se incorporó a
Andalucía en la provincia de Huelva, momento en que este pueblo junto a su vecino
Arroyomolinos de León manifestaron su malestar por la separación de su tierra y de las otras villas hermanas dle partido de
Segura de León (
Badajoz) y así lo transmitieron a las autoridades del momento. Históricamente, pertenecía a la Encomienda Mayor de León, de la Orden de Santiago en la Provincia de León (Baja Extremadura aproximadamente). Eclesiásticamente, pertenecía al Priorato de
San Marcos de León, de la Orden de Santiago, con sede en la ciudad de León, más concretamente en el Provisorato de Llerena. Esta religación con la Encomienda Mayor de León le ha dado el apellido León, como a sus vecinas Fuentes, Arroyomolinos, Segura,
Cabeza la Vaca (aunque esta villa lo ha perdido), y Calera de León por ser la sede de una Vicaría de San Marcos de León.
El libro 'Expedientes carcelarios de Campofrío y Cañaveral de León (Huelva). Prisión Provincial, 1936-1939' (Facediciones, 2008), de Juan José Antequera Luengo y Juan José Luengo Jiménez, da cuenta de cuantos vecinos sufrieron prisión durante la guerra civil española.