Como ocurre con otros sitios de la
sierra onubense, sus orígenes son prehistóricos. Los datos más recientes se refieren al repartimiento de las tierras de
Sevilla, tras la Reconquista. Hasta el 24 de mayo de 1812 eran dos
pueblos, Alcalá de la Alameda y
Chucena, transformándose por decreto en una población que tomó el nombre de una de los dos, con el que ahora se denomina. Bien tratada por la
familia real de Trastamara, Per Afán de Ribera llevó a Chucena el núcleo de un Mayorazgo. En 1574 el mayorazgo pasará a ser marquesado y más tarde, por la unión matrimonial de Ana María Enríquez de Ribera Portocarrero con el duque de Medinaceli, entrará en el mencionado ducado. Un
pino centenario, el llamado 'Pinto del Padre Jacinto', quien lo rescató material y emocionalmente, testigo de la
historia de estos dos pueblos convertidos en uno, tuvo que ser cortado en 1978 a causa de una enfermedad irreversible. Figura en el
escudo heráldico del
pueblo presidido por una estrella, evocación de la
Virgen que lleva ese nombre, como reseña Juan José Antequera en su libro 'Signos municipales de Chucena (
Huelva. Vexilología. Sigilografía. Heráldica' (Huelva, Facediciones, 2008).
Etimológicamente el término "Chucena" derivaría del latín "succius" (fértil) más el añadido "ena" sufijo de posesión, por lo que su fundación quedaría establecida entre los s. III-II a. d.
Cristo. La desaparecida villa de Alcalá de la Alameda, hoy perteneciente a Chucena tendría su fundación alrededor del s. VIII d. d. Cristo, siendo conocida también como Malchar Palmet, Alcalá de Juana D`Orta y Alcalá de Tejada. En el Libro del Repartimiento de Sevilla y su tierra, referido a 1253, aparecen ambas poblaciones. Alcalá sería entregada por el rey Alfonso X el sabio a Rui Sánchez en 1268, mientras Chucena lo era a Juan Martínez de Barrasa en 1374 por privilegio de Enrique II.
En 1488 los Reyes Católico confirman a Payo de Ribera como Señor de Chucena, creando un Mayorazgo en 1514 a favor de Garci López Pacheco, tercer hijo de don Pedro Portocarrero, que va adquiriendo las tierras de Alcalá. En 1550, los Señores de Moguer, la familia Portocarrero son los dueños absolutos de Alcalá que comparte con Chucena ordenanzas y arbitrios comunes. En 1571 el rey Felipe II concede a Alcalá el título de ciudad y en 1574 el título de I Marqués de Alcalá de la Alameda a Pedro López Portocarrero, anexionando la villa de Chucena. A mediados del s. XVI la II Marquesa de Alcalá dª Ana María Ribera de Portocarrero se une en matrimonio con d. Luis de la Cerda, Duque de Medinaceli, uniendo el Marquesado a la
Casa Ducal. A partir del s. XIX se produce un declive del Marquesado y el progresivo despoblamiento de Alcalá en beneficio de la vecina Chucena. Por decreto de 24 de mayo de 1812 se crea el
Ayuntamiento de Chucena, englobando las villas de Alcalá de la Alameda, Garruchena (saqueada por la invasión francesa) Genís (actual hacendado) y Torralba (actual hacendado también).
A partir de 1958, el pueblo de Chucena se hace con los derechos de la abandonada
iglesia de Alcalá, dedicada desde al menos 1411 (según consta en el Libro Blanco de la
Catedral de Sevilla) a la Inmaculada Concepción y
Santa Ana, restaurándolo y devolviéndolo al culto. Templo muy afectado por el terremoto de Lisboa de 1755 y que había sido levantado sobre las
ruinas del anterior, por el Maestro Mayor de
Fábrica del Arzobispado de Sevilla, Ambrosio de Figueroa en 1773.