Esta población, según parece, fue fundada por los turdetanos. No queda muy clara la etimología de su nombre aunque, según muchos estudiosos, la abundancia del alcornoque y su corteza, el corcho, pudo tener una influencia decisiva pues en la loma que une los cerros del
Castillo y
Santa Bárbara se asentó la Corticata
romana. Tras ser conquistada a los árabes por la Orden Hospitalaria, cambiaría de manos sucesivas veces en el conflicto del Algarve al que el Tratado de
Badajoz puso fin. En un cerro en cuyas faldas se extiende la población se alza un soberbio castillo
medieval, construido para defender ese sector de la
Sierra onubense, que forma parte de su
escudo municipal, como se describe en el libro 'Empresas simbólicas de
Cortegana (
Huelva). Vexilología. Sigilografía. Heráldica', de Juan José Antequera Luengo (
Sevilla, Facediciones, 2008).
El libro 'Expedientes carcelarios de Cortegana (Huelva). Prisión Provincial, 1936-1939' (Facediciones, 2008), de Juan José Antequera Luengo y Juan José Luengo Jiménez, da cuenta de cuantos vecinos sufrieron prisión durante la guerra civil española.