Además su
historia está también vinculada a la de clérigos de renombre como Pedro de Lepe y Dorantes (1641-1700), obispo de Calahorra, una de las diócesis más grandes del norte de
España o el beato Manuel González García, arcipreste de
Huelva y obispo de
Málaga y
Palencia, a cuya figura se dedica una
estatua en la
plaza de
San Pedro. Fueron sacerdotes de la
Iglesia Mayor de San Pedro dos ilustrados como Jacobo Antonio del
Barco y de la Gasca (1748) y José Amador Moreno (1783), ambos vicarios de Huelva. Entre la segunda mitad del siglo XIV y finales del XV el
edificio queda configurado en lo esencial tal y como ha llegado a nuestros días. Con una planta y un alzado que responden al modelo característico de los templos mudéjares. sevillanos posteriores al terremoto de 1356: planta basilical, con cabecera abovedada de estilo
gótico y buque cubierto con artesonado de alfarje, de
tradición hispanomusulmana. En cualquier caso el edificio, dividido en dos partes claramente diferenciadas: la cabecera y la nave, fue sufriendo distintas transformaciones hasta crear bien entrado el siglo XVI el único templo en la villa capaz de albergar a la población onubense, de ahí que sus dimensiones sean uno de los aspectos que más llamen a atención.