En 1012, Abd al-Aziz al-Bakri erige el reino taifa de
Huelva otorgándose el título de señor de Umba y Xaltis (Huelva y Saltés). El reino fue durante cuarenta años económicamente seguro y fuerte hasta la guerra con el reino de
Sevilla. En 1052 cae el reino taifa de
Niebla en manos de Al-Mutadid y Abd al-Aziz debe retirarse siendo confinado en la isla de Saltés. En cuanto a la época cristiana se sabe que la ciudad fue tomada, primero, por Íñigo de Mendoza en 1238 y por las tropas de Alfonso X, finalmente, en 1262. A partir de ahí será gobernada por diversos nobles como Juan Mathe de Luna, Diego López de Haro o Juan Alonso de la Cerda hasta que en el año 1351 se le confirman sus derechos como ciudad de cierta importancia. María de la Cerda, señora de Huelva y de la Isla de Saltés, de la
Casa de Medinaceli, aportó en dote la villa de Huelva al matrimonio con el I Duque de Medina-Sidonia, pero al morir sin descendencia, su casa le reclamó al duque la devolución de la villa, lo cual no se llevó a cabo por parte de los guzmanes. Por ello, en torno a 1466, surgió un largo pleito sobre la villa entre ambas
casas que no finalizaría hasta 1509 cuando, a la muerte del III duque, Fernando el Católico autorizó a los gobernadores del señorío a abonar 10.000.000 de maravedíes a la Casa de Medinaceli en compensación por Huelva, que permanecería bajo el señorío jurisdiccional de la Casa de Medina-Sidonia hasta la abolición de los señoríos en 1812.