Una vez establecidos los árabes, tomaron el cenobio y, en el
altar donde habría estado la
Virgen, colocaron el "zancarrón de Mahoma". Pero, y concediéndosele un nuevo prodigio a la Señora de
la Rábida, el hueso del profeta era echado reiteradamente al suelo, no permitiendo nunca que permaneciera mucho tiempo en el sitio que había estado la Virgen, hecho éste que habrían atribuido los seguidores del profeta a un supuesto encantamiento cristiano. Decidieron los árabes tener con ellos a un cristiano, ya que cada vez que retenían a uno cesaba el prodigio. Finalmente, no pudiendo soportar dichos sucesos, se negoció que fuese devuelto el cenobio a la cristiandad. Una de las últimas y la más famosa de las leyendas es la que nos transmite la aparición de la Virgen en el
mar, en la
playa de "Morla", en término municipal de Palos, cerca del
monasterio. Según esta
tradición, estando unos pescadores de
Huelva echando sus redes, tuvieron por
pesca el hallazgo de la imagen, la cual habría aparecido en dos trozos, primero la Virgen con la mitad del cuerpo del Niño y, posteriormente, el resto del Niño. Si bien, al haberla hallado unos pescadores de Huelva, quisieron llevársela a su villa, cosa que no aceptó la localidad palerma, y comenzaron unos litigios que a punto estuvieron de acabar en batalla armada entre las dos villas. Tuvo que intervenir el padre guardián del
convento en el litigio, ya que su opinión era respetada por ambas villas, y éste tomó la decisión de que, para resolver el asunto, se depositara a la Virgen en una
embarcación cerca del lugar donde apareció, dejándola sola en la embarcación, sin ningún tripulante, a donde las velas la llevasen. Por fin la embarcación llegó a parar a orillas del paraje donde está situado el monasterio, y decidieron dedicarle un altar a la imagen en dicho cenobio franciscano.