También sirvió de inspiración la vida monástica y contemplativa de este cenobio para los hombres que fueron a evangelizar las tierras recién descubiertas: fray Juan de Palos, fray Juan Izquierdo, y otros franciscanos y religiosos de
Palos de la Frontera y los
pueblos vecinos que tuvieron especial relevancia en la evangelización de América. Fray Juan Izquierdo, O. F. M., natural de la villa de Palos y obispo de Yucatán desde 1587 hasta su fallecimiento en 1602. A comienzos del siglo XIX, durante la Guerra de la Independencia Española, las tropas napoleónicas exclaustraron el
monasterio y lo devastaron. Los frailes regresaron posteriormente. En 1820, durante el Trienio Liberal, el
convento fue exclaustrado, regresando los religiosos en 1823. Tras la desamortización, el 25 de julio de 1835, el monasterio quedó abandonado y deteriorado. La guerra de la Independencia española fue un conflicto bélico desarrollado entre 1808 y 1814 dentro del contexto de las guerras napoleónicas, que enfrentó a las potencias aliadas de
España,
Reino Unido y
Portugal contra el Primer Imperio francés, cuya pretensión era la de instalar en el trono español al hermano de Napoleón, José Bonaparte, tras las abdicaciones de Bayona. Se conoce como trienio liberal o trienio constitucional al periodo de la
historia contemporánea de España que transcurre entre 1820 y 1823; que constituye el periodo español de revoluciones de 1820, y que es intermedio de los tres periodos en que se divide el reinado de Fernando VII: posterior al sexenio absolutista (1814-1820) y anterior a la década ominosa. La desamortización española fue un largo proceso histórico, económico y social iniciado a finales del siglo XVIII con la denominada «Desamortización de Godoy» (1798) —aunque hubo un antecedente en el reinado de Carlos III de España— y cerrado bien entrado el siglo XX. Consistió en poner en el
mercado, previa expropiación forzosa y mediante una subasta pública, las tierras y bienes que hasta entonces no se podían enajenar y que se encontraban en poder de las llamadas «manos muertas», es decir, la
Iglesia católica y las órdenes religiosas —que los habían acumulado como habituales beneficiarias de donaciones, testamentos y abintestatos— y los llamados baldíos y las tierras comunales de los municipios, que servían de complemento para la precaria economía de los campesinos. Dicho con las palabras de Francisco Tomás y Valiente, la desamortización española presentó «las características siguientes: apropiación por parte del Estado y por decisión unilateral suya de bienes inmuebles pertenecientes a «manos muertas»; venta de los mismos y asignación del importe obtenido con las ventas a la amortización de los títulos de la deuda».