El 14 de junio de 1993 el papa Juan Pablo II visitó el
monasterio con motivo de la coronación pontificia de la imagen de la
Virgen de los Milagros. Juan Pablo II, de nombre secular Karol Józef Wojtyła (pronunciación; Wadowice, Polonia, 18 de mayo de 1920-Ciudad del Vaticano, 2 de abril de 2005), fue el papa 264 de la
Iglesia católica y soberano de la Ciudad del Vaticano desde el 16 de octubre de 1978 hasta su muerte en 2005. Fue canonizado en 2014, durante el pontificado de Francisco. La Real Sociedad Colombina Onubense fue creada en 1880 para poner en valor todos aquellos lugares relacionados con el Descubrimiento de América, por lo que desde entonces ha venido desarrollando diferentes actos en el monasterio, considerado por la sociedad como “sede espiritual”. Durante los primeros que se celebraron, y con la colaboración de otras instituciones públicas y privadas, esta sociedad se encargó de fomentar las actividades del 3 de agosto en
La Rábida, buscando hacer del monasterio el eje de las celebraciones en honor a la partida de la expedición colombina.