Los reyes enviaron a La Española al administrador real Francisco de Bobadilla en 1500, el cual a su llegada (23 de agosto) detuvo a Colón y a sus hermanos y los embarcó hacia España. Colón rehusó que se le quitaran los grilletes en todo su viaje a España, durante el cual escribió una larga carta a los Reyes Católicos. 224​ Al llegar a España recuperó su libertad, pero había perdido su prestigio y sus poderes. Francisco Fernández de Bobadilla fue un oficial castellano de la Casa Real y un caballero de la Orden de Calatrava, hermano de doña Beatriz Fernández de Bobadilla, marquesa de Moya y Peñalosa, protectora ésta de Cristóbal Colón, dama y gran amiga de Isabel la Católica. Fue enviado como juez a la isla de La Española, donde arrestó a Colón por supuestas irregularidades en su gobierno. Ejerció el cargo de gobernador general de las Indias desde 1500 hasta 1502. Falleció en el mar, cuando una tempestad destruyó el barco donde navegaba. Pese a la intención del almirante Colón de reservarse el monopolio de la conquista y colonización de las tierras a las que había llegado, la Corona no tenía esas ideas. De esta forma capituló las condiciones de nuevos viajes, cuyo objetivo era descubrir tierras desconocidas para los europeos y en ningún modo colonizarlas. Estos viajes se desarrollaron a partir de 1499 y entre ellos cabe destacar los siguientes:

(20 de Abril de 2019)