El término municipal de
Moguer está compuesto por los cascos urbanos de Moguer y
Mazagón, y los pequeños núcleos de Las madres y el Poblado Forestal; la zonas agrícolas con cultivos de secano y regadío; y los espacios forestales integrados por el
monte público del
ayuntamiento y los espacios naturales protegidos (
Parque nacional y natural de Doñana entre otros). Las coordenadas geográficas del casco urbano de Moguer son 37°16′29″N 6°50′19″O. Se encuentra situado a una altitud de 49 metros y a 20 kilómetros de la capital de provincia,
Huelva, y a 88 km. de la ciudad de
Sevilla. Está muy cercana a la vecina ciudad de
Palos de la Frontera, y a 20 kilómetros de las
playas de Mazagón, perteneciente a ambos municipios y administrada por la mancomunidad Moguer-Palos de la Frontera. La extensión superficial del municipio es de 204 km². Una mancomunidad es una asociación de municipios. Las mancomunidades gozan de personalidad jurídica propia para el cumplimiento de sus fines, y pueden existir sin límite de tiempo, o ser creadas únicamente por un tiempo determinado y para la realización de una o más actividades concretas.