Moguer está ubicado al sudoeste de la península ibérica, en la denominada Tierra Llana de la provincia de
Huelva. Al norte es colindante con el
río Tinto, los municipios de Huelva,
Niebla y de
San Juan del Puerto, al sur con el océano Atlántico y
Palos de la Frontera, al oeste el Río Tinto y Palos de la Frontera, y al este con los términos municipales de Almonte y
Lucena del Puerto. Pertenece a la Comarca Metropolitana de Huelva. El acceso principal al municipio se produce, por el norte, a través de la autovía A-49/E-1 mediante la autonómica A-494. Pero también existen accesos a través la nacional N-422 y la provincial H-624 por Palos de la Frontera, de la autonómica A-494 por el municipio de Almonte y de la autonómica A-486 por Lucena del Puerto. Al casco urbano de Moguer se accede a través de la A-494 por las avenidas de los Hermanos Niño, del Quinto Centenario,
calle Venida de la
Virgen y Avenida de América; y desde la
carretera de la Marisma por la Calle de la Ribera. Al casco urbano de
Mazagón se accede desde la A-494 por la Avenida de los Conquistadores (oeste), calle El Dorado, Avenida del Arroyo de la Miel y Avenida de los Conquistadores (este).
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