En ciertos momentos, el
monasterio de
Santa Clara reunió un número considerable de religiosas, hasta medio centenar en 1591, y solamente tres en 1884. Con la desaparición de las Clarisas, el monasterio lo ocuparon las Esclavas Concepcionistas merced al Cardenal Marcelo Spínola, su fundador, pues entonces
Moguer pertenecía a la Diócesis de
Sevilla. La Congregación instaló en este complejo conventual un
colegio femenino y el noviciado, vigente entre 1930 y 1955. Tras ellas, se hicieron cargo del monasterio los P. P. Capuchinos en 1956, recuperando así el espíritu franciscano de los inicios. En 1961 la Orden capuchina estableció en él su Colegio de Filosofía, reuniendo hasta veintitrés estudiantes. En 1975 abandonaron el
edificio, trasladándose a una vivienda ubicada en el interior de la
parroquia. La vinculación americana del monasterio de Santa Clara se inicia en los momentos previos al primer viaje de Cristóbal Colón. Los contactos del genovés con el monasterio fueron decisivos para la culminación de su proyecto que sería un punto de inflexión histórico.