La construcción del
edificio pudo haber coincidido con la fiebre constructora y el avance de las obras de carácter
militar impulsadas por los almohades en
Sevilla y
Niebla, cabecera esta última del Algarve histórico, en la segunda mitad del siglo XII. Otra teoría posible otorgaría la autoría del
castillo a alarifes mudéjares de tiempos de los Caballeros de Santiago, cuyas vanguardias habían conquistado la alquería de
Moguer entre 1239 y 1240, y cuya orden la conservó en su patrimonio unos treinta años. Elevada a la categoría de villa y después de pasar por varias manos Alfonso XI la donó en 1333 a su almirante Alonso Jofre Tenorio y a su mujer Elvira Álvarez, que la convirtieron en uno de los núcleos urbanos más ricos y prósperos de la comarca. A partir de esta fecha la
fábrica del castillo fue sometida a importantes reformas, permaneciendo como bastión defensivo del nuevo señorío, hasta alcanzar un aspecto similar al que hoy presenta. El documento más antiguo que menciona al alcázar o castillo se remonta al año 1362. Otros documentos anteriores sugieren la existencia del edificio en cuestión: La aparición de la figura del alcaide de Moguer en un documento público del año 1345 indica su relación con la existencia del castillo. La carta de donación que Elvira Álvarez, mujer del almirante Alonso Jofre Tenorio, otorgó en Moguer el 21 de mayo de 1356 a favor de las monjas del
Monasterio de
Santa Clara de esta villa, indicaba que el monasterio se ubicaba "desde las
casas del maestro Bucar fasta la cava", topónimo que determina el enclave del castillo.