El templo, de estilo manierista, consta de una sola nave de cajón muy profunda cubierta con
bóvedas de cañón con lunetos,
coro alto muy alargado a los pies, y presbiterio plano sobre pedestal, cuya planta coincide con el
cementerio de los frailes. La
cúpula es ovalada y cuenta con un programa pictórico de hacia 1700. Ocupa su centro la escena de la estigmatización de
San Francisco mientras que en las pechinas figuran medallones con pontífices de la orden franciscana: Alejandro IV, Nicolás V, Sixto IV y Sixto V. Los paramentos interiores estucados en blanco se quiebran a base de pilastras y cornisas de sencillo diseño. La nave se caracteriza por su desnudez: los
retablos fueron trasladados a la
parroquia después de 1936, a excepción del
retablo mayor. Igual suerte corrieron otros objetos de
arte, hoy expuestos en el
monasterio de
Santa Clara, sede del
Museo Diocesano de Arte sacro. Varios sucesos coinciden en el tiempo con la desmembración y destrucción del patrimonio
artístico del
convento: el saqueo perpetrado por los franceses (1810); la exclaustración e inmediata desamortización eclesiástica (1836); el abandono secular del
edificio; y, finalmente, la guerra civil de 1936. Desde el exterior destaca la severidad de los muros de la
iglesia con su sistema de contrafuertes, visibles en el grabado de Espinalt y García (1781). La
espadaña (siglo XVII) y la
portada principal de acceso a la iglesia (siglo XVI) nos remiten de nuevo al maestro Hernán Ruiz. El
claustro es un espacio manierista del último cuarto del siglo XVI, de planta sensiblemente cuadrada y adosado al muro norte de la iglesia. Está formado por dos plantas de arquerías sobre
columnas, salvo en su lado norte donde sólo tiene la arquería inferior. En el
patio se conserva un aljibe con restos de estuco pintado. La
escalera ha recuperado su grandiosidad después de las distintas restauraciones. Se accede a ella a través de un vano con
arco de medio punto adovelado, mayor que los huecos adintelados que aparecen a ambos lados. Esta solución responde a la tipología de "serliana" cuyo modelo introduce Hernán Ruiz en el primer cuerpo de
campanas de la Giralda de
Sevilla. Los tres
arcos sobre columnas remarcados por un almohadillado del piso superior potencian la espacialidad de la escalera. En el primer tramo se conserva un trozo de estuco (siglo XVI) con motivos geométricos.
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