El día 14 de febrero de 1493, en el tornaviaje, se cruzaron con una fuerte tempestad que estuvo a punto de hacer naufragar las
embarcaciones. En esta situación, Cristóbal Colón, decidió echar en suerte, la promesa de peregrinar en
romería al
Monasterio de
Santa Clara, como acción de gracias por superar tan aquella situación (Voto colombino). El 15 de marzo, "La Niña" regresó al
Puerto de
Moguer, Cristóbal Colón, junto al resto de la tripulación de La Niña, pasó una
noche de vigilia en la
iglesia de Santa Clara, cumpliendo la promesa o Voto Colombino realizado en alta
mar. Pasados unos días Juan Niño junto a Cristóbal Colón partieron hacia
Barcelona, para dar cuenta a los Reyes Católicos del viaje realizado. En el desarrollo del primer viaje se fue forjado una fuerte relación con Colón,
fruto de la cual se convirtieron en estrechos colaboradores de los nuevos proyectos del Almirante. Participaron en los preparativos y desarrollo del segundo viaje colombino entre 1493 y 1496. Juan Niño acompañó a Cristóbal Colón, como maestre, y Francisco Niño como piloto en la carabela La Niña, Pedro Alonso como piloto mayor en la nave capitana, y Cristóbal como maestre de la carabela “Caldera”, junto a otros familiares Niño. En el tercer viaje colombino, entre 1499 y 1501, viajaron Juan Niño y Francisco Niño, junto a otros familiares Niño, siguiendo la ruta colombina del segundo viaje donde se descubrió Paria.