Al final del califato de los Omeya, se produce una fitna o desmembración del mismo y la dinastía de los Beni-Yahya se hace con el poder de la ciudad, convirtiéndose Yahsopi en rey taifa independiente en el año 1.019. El
ejército de
Niebla destaca como aliado de los reinos taifas de Mértola y Silves que, junto con el de
Badajoz se enfrentan al de
Sevilla por el dominio de Al-garb. Pero, finalmente, la ciudad acaba rindiéndose a Al-mutadid, dejando de ser independiente al ser absorbida por el reino de Sevilla en 1051. En los períodos de paz, Lebla y Sevilla corrieron parejas en el florecimiento de las artes, la
agricultura y la
cerámica. En estos años nacen,
San Walabonso y su hermana María (mártires y patronos de Niebla). En una segunda etapa, las constantes luchas internas entre emires, provocan la venida de ciertas tribus del Sahara, conocidas como los almorávides. En 1091, éstos dominan todo Al-andalus y Lebla deja de depender de Al-Mutadid de Sevilla. La ciudad alcanza un alto grado de desarrollo, en el que, gracias a la tolerancia islámica, se mantiene un buen grupo de cristianos que conservan su fe y sus
costumbres y las
iglesias con sus obispos y cultos. La ciudad florece y llega a tener 40.000 habitantes.