En 1145, con la llegada de los almohades, que saquean la ciudad, se inicia un nuevo período. Lebla se rebela poco después contra estos invasores y, en 1154 Abu Zarcaya-Ben-Yumar, enviado por el emir almohade a pacificar Al-Garb, toma Lebla por asalto, pasa a cuchillo a todos los varones que la habían defendido y vende a las mujeres y niños como esclavos. Enterado el emir de su crueldad, lo manda llamar y encarcelar, y trata de repoblar y restaurar Lebla, restableciendo la dinastía de los Beni-Yahya. Con la batalla de las Navas de Tolosa en 1212, el poder de los almohades decae. El último rey independiente de Lebla, Aben Mahfot, se proclama rey del Algarve y fija su residencia en Lebla haciéndola capital de su reino y acuñando monedas con su nombre. En 1262
Niebla es tomada por el rey Alfonso X el Sabio. El asedio no es fácil ni para los sitiadores ni para los sitiados, ya que, por la importancia de las defensas de la ciudad, éste duró nueve meses y medio, teniendo que rendirse por hambre. En el asedio estuvo el mismo Rey en persona, que concede a Niebla fuero Real como a
Sevilla, al ser la primera ciudad que conquista. La conquista de Niebla es también un hito histórico porque es la primera vez que se usa la pólvora en
España, como está recogido en las crónicas de Alfonso X el Sabio.