En 1508, Fernando II de
Aragón, rey de facto de Castilla en lugar de su hija Juana, reclamó al ducado de Medina Sidonia la entrega inmediata de todos sus
castillos a la Corona. Todos los alcaides de los castillos obedecieron a excepción del de
Niebla, que mantuvo obediencia a su duque. El rey Fernando envió a un
ejército de unos 1500 hombres a que tomase la ciudad. El asalto no se llevó finalmente a cabo porque el ducado capituló, pero ello no evitó que las tropas saquearan la ciudad rendida y mataran a gran parte de la población, en lo que se ha pasado a la
historia como el saqueo de Niebla. Fernando II de Aragón, llamado «el Católico», fue rey de Aragón (1479-1516), de Castilla, de Sicilia, de Nápoles, de Cerdeña y de
Navarra. Fue además regente de la Corona castellana entre 1507 y 1516, debido a la inhabilitación de su hija Juana I, tras la muerte de Felipe el Hermoso. Juana I de Castilla, llamada «la Loca», fue reina de Castilla de 1504 a 1555, y de Aragón y Navarra, desde 1516 hasta 1555, si bien desde 1506 no ejerció ningún poder efectivo y a partir de 1509 vivió encerrada en Tordesillas, primero por orden de su padre, Fernando el Católico, y después por orden de su hijo, el rey Carlos I. El saqueo de Niebla o saco de Niebla tuvo lugar en 1508 cuando las tropas y mercenarios del rey Fernando el Católico saquearon la villa de Niebla. En 2008 se conmemoró el V Centenario de este hecho considerando su importancia capital en el paso de la Edad Media a la época de los Estados modernos.