De esta forma se separa de lo que había constituido el reino almohade de
Niebla, al que seguía perteneciendo aún después de su conquista a mediados del siglo XIII. Palos era por estas fechas, como presumiblemente lo fue en toda su anterior
historia, un pequeñísimo núcleo de población que subsistía de la
pesca litoral, aprovechando las cualidades que, como
puerto interior, al abrigo del viento y los ataques piratas, ofrecía el
río Tinto.Álvaro Pérez de Guzmán, verdadero fundador de la villa de Palos, contaba sólo catorce años cuando el rey Juan I de Castilla, en 1379, le concedió las villas de Palos y Villalba como compensación por haberle arrebatado las localidades de
Huelva y
Gibraleón para cederlas a la Condesa de Medinaceli. Álvar Pérez consiguió del monarca el privilegio de eximir de cualquier impuesto real a las 50 primeras
familias que se instalasen en Palos acudiendo a su iniciativa de repoblación, n. 1 estableció con su legislación las bases del ordenamiento jurídico municipal y dedicó las escasas y poco fértiles tierras del término palermo al cultivo del
olivo y la producción de aceite. Después de la prematura muerte de Don Álvar, su viuda, Doña Elvira de Ayala, hija del Canciller de Castilla, prosiguió su labor hasta su muerte en 1434. Cada una de las hijas de D. Álvar y Dª. Elvira, llamadas Isabel y Juana, heredaron una mitad de la villa de Palos, que por sus respectivos matrimonios pasaron a ser señoríos, una mitad del Conde de Miranda y la otra del Conde de Cifuentes, que a su vez fueron disgregándose entre varios herederos.