Tendríamos que remontarnos a épocas prehistóricas para disponer de las primeras huellas de ocupación del territorio, según los restos encontrados de una tumba en paraje conocido como La Longuera, a orillas del Barranco del Piojo. Mucho mas reciente, de dominación
romana, en la misma
ermita de la
Virgen de la Peña, se descubrieron unos trozos de mármol con inscripciones. Otros hallazgos en
Herrerías nos muestra la actividad minera en aquella etapa de nuestra
historia. La dominación musulmana dejó patente la huella de su paso, en el término, como el
castillo-fortificación en la
finca Zurita. Hallazgos de dos trozos de
piedra lapidaria con inscripciones, tumbas árabes, e inclusive en la propia Peña, la evidencia de una ocupación y utilización como enclave defensivo de singular importancia en aquellos tiempos.
La localidad nace alrededor del castillo de Alfayat, que según parece fué construido entre los años 1262 y 1298 y unos cien años después hay noticias de que el lugar era conocido como La Alquería de Juán Pérez. En este punto nos remitimos a Francisco Nuñez Roldán, que dice "
Niebla era la cabecera del Condado. Su amplio término comprendía numerosos
pueblos y aldeas existentes ya o de nueva creación o repoblación. En la concesión real de este señorío tan extenso se incluyeron amplios derechos sobre el
campo del Andévalo y es en esta área donde se encontraban los lugares de
Puebla de Guzmán,
Paymogo,
Villanueva de las Cruces,
Cabezas Rubias, Calañas,
Alosno y
El Almendro.
Puebla de Guzmán era una de las entidades de población que aparecen en la concesión del señorío, denominándose entonces Alcaria de Juan Pérez. En 1427 se tomó posesión de ella en nombre del conde y se designó nuevo alcalde y alguacil, aludiéndose a la existencia de otros vecinos, -y añade el autor-. Así pués, el lugar no era de nueva creación, sin duda".
El día 7 de Enero de 1445, don Juán de Guzmán, conde de Niebla, con el motivo de revitalizar demográficamente su señorío, concedión una serie de franquicias a sus pobladores y a aquellos que se estableciesen allí por primera vez.
Otra fecha importante fué la del 3 de Febrero de 1481, cuando según consta documentalmente aparece por primera vez el nombre de la Puebla de Guzmán, suponiéndose que este cambio de nombre debió justificarse por el interés del duque de Medina Sidonia por demostrar su pertenencia al llevar su apellido.
En 1726, Carlos IV concede a la Puebla de Guzmán el privilegio de villazgo creándose por tanto como municipio independiente llegando incluso a impartir justicia.
Tras la concesión del título de villa en el siglo XIX, La Puebla se verá de nuevo ocupada, esta vez por las tropas francesas. Si bien la guerra no traería en sí consecuencias nefastas, surgiría a partir de ella, uno de los episodios que, en la historia reciente, ha tenido consecuencias importantes. Los franceses no estuvieron en Puebla de Guzmán de forma fija, pero si fue sitio de paso para la conquista de
Sevilla y la de
Badajoz, por tropas al mando del General Soult. Sin embargo, parece ser que el castillo, ya en su última época hábil, sirvió de cuartel para las tropas españolas.
Apuntado algún otro dato sobre la historia de esta localidad eminentemente andevaleña, en el año 1840, la Diputación Provincial, ante la continuidad de las acciones de bandos a consecuencia de los repartos de 1812, decide, tras el desacato a una providencia anterior, reprimir por la fuerza, " las demasías y desacatos de que es víctima la población". Se refiere a los llamados 'suministros' tierras repartidas tras la ocupación francesa entre áquellos que contribuyeron a la lucha contra los franceses abasteciendo a las tropas españolas.
En cuanto al siglo XX, hemos de resaltar, que el 15 de Diciembre de 1930, los vecinos de Puebla de Guzmán, proclaman por su cuenta, la República. El libro 'Expedientes carcelarios de Puebla de Guzmán (
Huelva). Prisión Provincial, 1936-1939' (Facediciones, 2008), de Juan José Antequera Luengo y Juan José Luengo Jiménez, da cuenta de cuantos vecinos sufrieron prisión durante la guerra civil española.
Dada las escasas iniciativas económicas de la zona, los años posteriores a la guerra civil, asi como en los sesenta de este siglo, numerosos son los hijos de este pueblos que han emigrado hacia otros lugares, siendo en la actualidad mucho mayor la cantidad de puebleños de la diáspora que los asentados en la localidad.
Los orígenes de esta población son muy antiguos, ya que en sus cercanías ha sido encontrado el dolmen de la Zarzita. Se llega a la conclusión de que en el Megalítico existió un poblado fortificado; fuera de éste, en las inmediaciones existía una pequeña agrupación de chozas, mientras que en el interior de la fortaleza las
casas presentaban un aspecto bastante diferenciado y se evidenciaba la estructura de una ciudadela organizada en torno a la construcción de hogares alrededor de una
plaza central. En el año 1504 se le concede a
Santa Bárbara de Casa la categoría de
pueblo. Con anterioridad el pueblo estaba constituido por dos núcleos de población, llamados El Hornacho y Los
Palacios, que al final llegaron a unificarse.